Especialista de Processos

Produção de Bioetanol

Biografia

Graduada em Informática Biomédica pela Universidade de São Paulo (2006), Mestre em Genética pela Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo (2009) e doutora em Genética pela Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo (2012). Realizei pós-doutorado na Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo com um período de estágio de pesquisa no exterior desenvolvido no Broad Institute – MIT/ Harvard (2014). Atuei em pesquisas nas áreas de Inteligência Artificial e Genômica Funcional, desenvolvendo projetos sobre a resposta adaptativa de fungos filamentosos a condições de estresse, analisando principalmente dados de transcriptoma provenientes tanto de análises de microarrays quanto de RNA-seq. Atualmente, sou bioinformata no Laboratório Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol (CTBE), sendo que meu trabalho está focado em análises ômicas como genômica, transcriptômica, metagenômica e metatranscriptômica visando prospectar micro-organismos e enzimas com potencial biotecnológico para a produção de etanol de segunda geração a partir de biomassa celulósica.

Formação Acadêmica

2009 – 2012

Doutorado em Genética.
Universidade de São Paulo (USP) – Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto – Ribeirão Preto-SP, Brasil.


2007 – 2009

Mestrado em Genética.
Universidade de São Paulo (USP) – Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto – Ribeirão Preto-SP, Brasil.


2003 – 2007

Graduação em Informática Biomédica.
Universidade de São Paulo (USP) – Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto – Ribeirão Preto-SP, Brasil.

Áreas de Pesquisa

Bioinformática focando em estudos de Genômica, Metagenômica, Transcriptômica e Metatranscriptomica.

A Bioinformática é uma ciência multidisciplinar que combina conhecimento de diversas áreas como computação e matemática para analisar e gerenciar informações biológicas.

Publicações Selecionadas e Patentes

Publicações Selecionadas

  • dos Santos Castro, L., de Paula, R. G., Antoniêto, A. C. C., Persinoti, G. F., Silva-Rocha, R., & Silva, R. N. (2016). Understanding the Role of the Master Regulator XYR1 in Trichoderma reesei by Global Transcriptional Analysis. Frontiers in Microbiology, 7. doi:10.3389/fmicb.2016.00175
  • Mello-de-Sousa, T. M., Rassinger, A., Pucher, M. E., dos Santos Castro, L., Persinoti, G. F., Silva-Rocha, R., … Mach-Aigner, A. R. (2015). The impact of chromatin remodelling on cellulase expression in Trichoderma reesei. BMC Genomics, 16(1), 588. doi:10.1186/s12864-015-1807-7
  • Antonieto, A. C. C., Graciano De Paula, R., Dos Santos Castro, L., Silva-Rocha, R., Persinoti, G. F., & Silva, R. N. (2015). Trichoderma reesei CRE1-mediated Carbon Catabolite Repression in Response to Sophorose through RNA Sequencing Analysis. Current Genomics, 15. doi:10.2174/138920291766615111621290
  • Steindorf, A. S., Persinoti, G. F., Monteiro, V. N., & Silva, R.N . (2015). Fungal metabolic diversity. In: Vijai Kumar Gupta (Editor), Robert L. Mach (Editor), S. Sreenivasaprasad (Editor). (Org.). Fungal Biomolecules: Sources, Applications and Recent Developments. 1 ed. Londres: Wiley, v. 1, p. 239-266.
  • Persinoti, G. F., Peres, N. T. A, Jacob, T. R., Rossi,  A, Vencio, R. Z., & Martinez-Rossi, N. M. (2014). RNA-sequencing analysis of Trichophyton rubrum transcriptome in response to sublethal doses of acriflavine. BMC Genomics, 15(Suppl 7), S1. doi:10.1186/1471-2164-15-S7-S1
  • Dos Santos Castro, L., Pedersoli, W. R., Antoniêto, A. C. C., Steindorff, A. S., Silva-Rocha, R., Martinez-Rossi, N. M., Persinoti, G. F., & Silva, R. N. (2014). Comparative metabolism of cellulose, sophorose and glucose in Trichoderma reesei using high-throughput genomic and proteomic analyses. Biotechnology for Biofuels, 7(1), 41. doi:10.1186/1754-6834-7-41
  • Silva-Rocha, R., Castro, L. D. S., Antoniêto, A. C. C., Guazzaroni, M. E., Persinoti, G. F., & Silva, R. N. (2014). Deciphering the cis-regulatory elements for XYR1 and CRE1 regulators in Trichoderma reesei. PloS One, 9(6), e99366. doi:10.1371/journal.pone.0099366
  • Antoniêto, A. C. C., dos Santos Castro, L., Silva-Rocha, R., Persinoti, G. F., & Silva, R. N. (2014). Defining the genome-wide role of CRE1 during carbon catabolite repression in Trichoderma reesei using RNA-Seq analysis. Fungal Genetics and Biology : FG & B, 73, 93–103. doi:10.1016/j.fgb.2014.10.009
  • Castro, L. D. S., Antoniêto, A. C. C., Pedersoli, W. R., Silva-Rocha, R., Persinoti, G. F., & Silva, R. N. (2014). Expression pattern of cellulolytic and xylanolytic genes regulated by transcriptional factors XYR1 and CRE1 are affected by carbon source in Trichoderma reesei. Gene Expression Patterns : GEP, 14(2), 88–95. doi:10.1016/j.gep.2014.01.003
  • Gras, D. E., Persinoti, G. F., Peres, N. T. a, Martinez-Rossi, N. M., Tahira, A. C., Reis, E. M., … Rossi, A. (2013). Transcriptional profiling of Neurospora crassa Δmak-2 reveals that mitogen-activated protein kinase MAK-2 participates in the phosphate signaling pathway. Fungal Genetics and Biology : FG & B. doi:10.1016/j.fgb.2013.05.007